《光明记忆》故事发生在2020年的未来城市中，游戏讲述从“舒雅”（游戏主角）的首次冒险之旅开始，跟随超自然科学研究组织（SRO）在一次关于非法文物犯罪活动的调查中发现了一对传说中的千年古剑“干将莫邪”，经过研究发现古老宝剑本身是由多层结构的特殊构造组成，并且在其中发现了一种能够唤醒死亡生物的奇特物质，人类将其称为“九玄之魂”。第三方恐怖组织（SAI）想要得到“九玄之魂”于是利用了最新科技“物化传送器”潜入了SRO研究院窃取相应资料，并且将放置在研究院中的传送器修改了坐标。而舒雅在与其斗争中意外启动传送器并且利用了自身装备“毁灭者”吸收了传送器中的传送力量来到了北极边缘地带一块已经隐藏了千年的空中大陆。而在那里存有着大量因为“九玄之魂”的扩散而导致复活的远古生物以及尸体，而这些生命状态空有实体，却没有灵魂，它们被称为“死灵”。而舒雅在游戏中不仅要利用自己仅有的传送力量去粉碎SAI组织的计划之外，更要前往不同的地点探索发掘，获取关键线索进行层层破解，直到最后一层的谜底被彻底解开，才发现事情的背后隐藏着更为巨大的秘密……
术语解说
SRO【超自然科学研究所】
全称为Science Research Organise隶属于军方的秘密组织，同时也掌握着世界上最超前的科学技术，长期进行不为人知的项目研究，并属于高度机密。在必要时刻会出面参与一些极端案件调查工作，在外界几乎没有任何人真正知道SRO组织的存在。
SAI【破碎身份】
联合协会高级计划署的其中一支部队，其成立初衷是抵御一切威胁以及海外敌对势力，部队在几年后创立了SAI，名为“破碎身份”全称为并成为了联合协会部队的下属组织，破碎身份常年与考古学家（考古学家实为盗墓贼洗白身份）有一些不正常的勾当赚取黑钱，并用于先进科技装备研发，其科技水平仅次于SRO，并且有过剽窃SRO科技层次的行为。在某一次古墓勘探时破碎身份的研究人员发现了一种黑色物质（九玄之魂），在动物身上进行的实验表明，通过DNA的融合，该物质可以在基因层面上大大提高物种的智能，改变外形等等身体要素。在此之后破碎身份极力想找到更多关于特殊物质的信息，以及想掌握黑水古瓶秘密，潜入到SRO研究基地偷取研究成果，因此在基地资料内还发现了关于隐藏在极地深处的线索，以及那里还存活着遗失的远古文明物种。但这一举动也惊动了SRO，而舒雅作为正义的一方，便是阻止SAI的企图，并调查出其中背后更多的真相。
